MBR ou GPT

Ao criar a tabela de partição para formatar o SSD (e posteriormente inserir o sistema de arquivos, S.O. etc) o formato deve ser o GPT, ao invés do antigo, bom e velho (mais bom do que velho) MBR.

Porém, ao instalar a maioria das distros GNU/Linux, em mais de 95% delas, irá detectar o SSD e habilitar em GPT durante a instalação. Exceto se você forçar em outro formato.

Ou seja, neste quesito: se você estiver usando uma distro atualizada e conhecida (ou derivada de uma das 4 grandes), não precisará fazer nada.

Escolha do File System: Btrfs vs Ext4 vs F2FS vs JFS vs outros

O filesystem deve possuir suporte ao TRIM, no kernel ele está presente desde o 2.6. Os seguintes FS possuem suporte ao TRIM: Ext4, Btrfs, JFS, XFS e F2FS.

Nos testes de performance com o kernel 4.0 o FS com melhor desempenho foi o F2FS, porém ele ainda é experimental e não está nos repositórios de algumas distribuições linux. Em ordem de desempenho, posteriormente vem o Btrfs e o Ext4, em alguns testes o XFS mostrou desempenho melhor que os outros, porém no geral considero-o em 4º atrás do Ext4.

Neste momento, visto o desenvolvimento destes 4 file systems e dependendo da distribuição que escolher opte primeiramente pelo Btrfs ou Ext4.

Ou seja, Debian, Ubuntu e derivados, continue no padrão do Ext4 Já com RHEL, Fedora e derivados, mantenha no padrão Brtfs.

Se quiser se aventurar no JFS, XFS e F2FS manda brasa, mas não terá melhoria alguma (pior, perderá!)

Ou seja, neste quesito: mantenha no padrão (ou no que já conheça).