Configurando um cluster com o Fedora Core 4 e MPICH-2

fernandosj

Hoje em dia, fala-se muito na utilização de clusters de computadores para a solução de problemas complexos utilizando programação paralela. Neste artigo apresento passo a passo as informações necessárias para configurar um cluster usando o Fedora Core 4 e o MPICH-2.

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Por: Fernando Simões Junior em 30/01/2008

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Exportando diretório para os outros micros do cluster

Passos:

1. Criar o diretório que será exportado em todas as máquinas do sistema.

2. Configurar no servidor o arquivo /etc/exports, incluir a linha abaixo no arquivo exports:

/home/diretorioexportado Ip-do-cliente(sync,rw,no_root_squash)

Iniciar os serviço nfs com o comando:

# /usr/sbin/ntsysv

3. Configurar os clientes para que montem o diretório exportado, editar o arquivo /etc/fstab incluindo a linha:

Ip-do-servidor:/home/diretorioexportado /home/diretorioexportado nfs rw,bg 0 0

4. Reiniciar os serviços de rede em todos os computadores:

# service xinetd restart

Adicionando o usuário em todas as máquinas do cluster, como root:

# useradd usuário
# passwd usuário

5. Após criar os usuário devemos instalar o MPICH-2.

Instalando o MPICH-2:

Para instalar o mpich2 seguir as configurações indicadas pelo desenvolvedor do software ref:

http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich2/

Executar:

# ./configure
# make
# make install

1. Exportar as variáveis de ambiente do mpich2 para os usuários, criar o script, salvar em /etc/profile.d/ e dar permissões de execução a todos os usuários.

# vi mpiconf.sh

#!/bin/bash
# PATH ENVIRONMENT TO MPICH2 #
PATH=$PATH:/local-de-instalação-do-mpi/bin
export PATH
# END ENVIRONMENT TO MPICH2 #

Alterar as permissões do arquivo mpiconf.sh:

# chmod og+x mpiconf.sh

Se tudo der certo o MPICH-@ estará instalado e funcionando.

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Páginas do artigo

   1. Introdução
   2. Exportando diretório para os outros micros do cluster
   3. Configurando as variáveis de usuários e ambientes
   4. Considerações finais
   5. Apêndice A - Comandos básicos de vi

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Comentários

[1] Comentário enviado por joseluiz em 30/01/2008 - 21:22h

Qual aplicação você usou para testar seu cluster?
tambem tenho um artigo de cluster...
http://www.vivaolinux.com.br/artigos/verArtigo.php?codigo=7661

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[2] Comentário enviado por fernandosj em 31/01/2008 - 09:32h

Oi Jose Luiz
Eu utilizo um programa de simulação de plasma espacial via partículas, basicamente eu resolvo um conjunto de equações eletromagnéticas para cada partícula do plasma e os campos gerados pelo movimento das próprias partículas.
Em um PC dual 4.2Ghz eu tinha que esperar de 20 a 30 dias para ver os resultados... agora no cluster com 16 processadores eu tenho que esperar só uns 5 a 8 dias.
Dependendo do aplicativo o grande gargalo é a rede, mas no meu caso não tenho este tipo de problema.
Vi seu artigo, muito bom... parabéms.
Fernando.

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[3] Comentário enviado por y2h4ck em 01/02/2008 - 21:52h

Bom so para deixar registrado, usando rhost nao importa se a senha tem 8 20 ou 100 caracteres, afinao com rhost o trafego é feito em cleartext :)

[]s

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[4] Comentário enviado por fernandosj em 02/02/2008 - 12:54h

Concordo com você y2h4ck, mas as senhas que me refiro são as do usuário e não as de rsh, que configuramos para não utilizar senha. Depois que ele estiver logado no cluster ele tem livre acesso aos processadores.
Abraços.

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[5] Comentário enviado por wriesco em 22/08/2008 - 16:38h

Qual mpi eu posso usar quando os computadores forem heterogeneos?
Obrigado...

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[6] Comentário enviado por fabiobc em 03/10/2008 - 14:23h

Exportar as variáveis de ambiente do mpich2 para os usuarios, como eu faço isso e onde estão as variaveis? e para onde eu copio?

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[7] Comentário enviado por fernandosj em 03/10/2008 - 15:04h

Oi Fabiobc, você pode colocar as variáveis de ambiente no profile (.bash_profile, .bashrc dependendo da distribuição) de cada usuário.
Você tem que adicionar:

#!/bin/bash
# PATH ENVIRONMENT TO MPICH2 #
PATH=$PATH:/local-de-instalação-do-mpi/bin
export PATH
# END ENVIRONMENT TO MPICH2 #

Abraços.

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[8] Comentário enviado por fabiobc em 20/10/2008 - 10:14h

local-de-instalação-do-mpi como eu faço para saber onde ele instalou? estou utilizando o fedora 9

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[9] Comentário enviado por fabiobc em 20/10/2008 - 10:15h

done
make[1]: Entrando no diretÃ³rio `/root/mpich2-1.0.7/src/pm/mpd'
copying python files/links into /usr/local/bin
make[1]: Saindo do diretÃ³rio `/root/mpich2-1.0.7/src/pm/mpd'
make[1]: Entrando no diretÃ³rio `/root/mpich2-1.0.7/src/mpe2'
Installing MPE2 include files to /usr/local/include
Installing MPE2 libraries to /usr/local/lib
Installing MPE2 utility programs to /usr/local/bin
Installing MPE2 configuration files to /usr/local/etc
Installing MPE2 system utility programs to /usr/local/sbin
Installing MPE2 man to /usr/local/man
Installing MPE2 html to /usr/local/www
Installing SLOG2SDK's lib
Installing SLOG2SDK's doc
Installing SLOG2SDK's share
Creating SLOG2SDK's bin
Installed SLOG2SDK in /usr/local
/usr/local/sbin/mpeuninstall may be used to remove the installation
Installed MPE2 in /usr/local
/usr/local/sbin/mpeuninstall may be used to remove the installation
esta menssagem que deu no final da instalação

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[10] Comentário enviado por fernandosj em 20/10/2008 - 11:25h

Oi Fábio, os locais onde os arquivos do MPI estão são:
include files to /usr/local/include
libraries to /usr/local/lib
utility programs to /usr/local/bin
configuration files to /usr/local/etc

Os binários ficam em /usr/local/bin

Abraços!!

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