Ao acessar o Backintime pela primeira vez, você deverá configurá-lo para que atenda as suas necessidades, para isso, na janela principal clique no ícone de uma chave de boca (KDE) ou no ícone com uma chave de fenda e uma chave de boca (GNOME) que lhe dará acesso às configurações do Backintime.

Local de destino e agendamento

Nesta primeira janela você define o destino (onde vão ficar salvos os backups) e a periodicidade dos backups (pode ser desativado para que o Backintime não faça backups periódicos, ou qualquer uma das outras opções para agendar).

ATENÇÃO: o Backintime irá criar uma pasta chamada "backintime" no diretório escolhido, por exemplo, no meu caso, como o destino é meu HD externo que está sendo montando em /media/27bb4da6-64fe-4a23-9156-75b90b89cf34 automaticamente, pelo Ubuntu o caminho efetivo de backup será: /media/27bb4da6-64fe-4a23-9156-75b90b89cf34/backintme

Fazer backup de quais arquivos?

Nesta janela você define quais as pastas deseja incluir no seu backup, eu por exemplo coloquei meu home inteiro! Mas se desejar fazer backup apenas de algumas pastas, é só ir adicionando-as nesta aba. Apesar de fazer do home inteiro, é possível incluir alguns padrões de exclusão, como pode ser visto abaixo.

Não fazer backup de alguns arquivos

Você pode especificar padrões de nomes de arquivos dos quais não deseja fazer backup. Por exemplo, praticamente toda semana baixo algum arquivo .iso de instalação de algum Linux ou alguns outros sistemas operacionais ;) e não quero colocar esse lixo no meu backup. Porém estes ISOs ficam guardados no meu home que está selecionada para backup, portanto, devo fazer algo para o Backintime entender que não é para colocar os ISOs no backup (aliviando meu HD externo hehehe). Como podem ver na imagem acima, não será feito backup de:

Padrão	Descrição	Exemplos
.*	Arquivos ocultos, cujo nome se inicie com .	.bash_history
*.backup*	Arquivos que iniciem com qualquer coisa, seguido de .backup e terminando com qualquer coisa	minapasta.backup.10-02-20009.tar
*~	Arquivos terminados com ~	index.html~
/home/kemper/.VirtualBox	Esta pasta e todas as suas sub-pastas:	)
/home/kemper/.wine	Esta pasta e todas as suas sub-pastas:	)
*.iso	Todos os arquivos que terminem com .iso	debian-xxxx.iso
*.ISO	Todos os arquivos que terminem com .ISO	dvd-rip.ISO
/home/kemper/Downloads	Esta pasta e todas as suas sub-pastas:	)

Bom, creio que com estes exemplos já deu pra "sacar" como funciona as exclusões.

Removendo backups antigos automaticamente

Com o tempo os backups vão ficando obsoletos, e portanto, perdendo a necessidade de ficarem armazenados, o Backintime possui essa funcionalidade de excluir backups automaticamente. Comentando as opções da janela acima, posso citar:

Older then (mais velho que)	Você pode especificar para excluir backups mais antigos que X dias, semanas ou ano.
If free space less than (Se o espaço disponível for menor que)	Você pode especificar para excluir backups se o espaço disponível estiver pouco na mídia de destino.
Remoção inteligente	Se marcar esta opção, o backintime manterá sempre: 1 backup anual, 1 backup mensal para o ano atual, 1 backup de 15 dias atras, 1 backup de 7 dias atras, 1 backup de hoje e 1 de ontem.
Don't rename named snapshots	Esta opção evita excluir um snapshot que você tenha dado nome.

Não incluirei as duas demais abas neste artigo, pois o foco é para usuários normais assim evito complicar demais. Além disso, se você é um usuário avançado, as duas demais abas são auto-explicativas.