Meu Linux depende do Windows

Pessoal é o seguinte: tenho dois HDs um com Linux (Ubuntu) e outra com o Windows.Quando vou ligar o micro primeiro pelo Linux, não abre a interface gráfica, a tela fica preta travada, mas o engraçado é que tenho que iniciar o windows, depois reiniciar o micro e aí sim o Linux inicia normalmente, alguém pode me ajudar? Outra pergunta: Quais programas eu posso deixar meu ubuntu diferente, ja uso o Beryl e gDesklets, até mais

cara vc pode baixar o kiba-dock icones animados ! vc vai gostar :)

Teu problema ocorre logo no primeiro acesso ao hd...
suponhamos que você inicie ele normalmente pelo windows, sem antes tentar acessar o ubuntu... vai normal se você reiniciar?
Mas se tentar bootar logo o linux, dá erro, não é mesmo? Então, talvez teu problema seja resolvido com uma dessas duas atitudes:
1 - instala um aplicativo de manutenção chamado testdisk... depois com o sudo, executa ele e testa o teu disco... se houver erros 'físicos' de particionamento, ele vai identificar...
Eu ja tive problemas assim... mas resolvi arriscar algumas alterações indicadas pelo testdisk...

2 - inicia o modo de restauração do linux...
daí você roda um fsck. Se usas reiserfs,
fsck.reiserfs --check
Acho que essa última opção será melhor executada a partir do livecd