PHP2ShellScript [RESOLVIDO]

ed_teixeira
(usa RedHat)

Enviado em 20/03/2012 - 11:41h

Pessoal,

Faço scripts em PHP para resolver alguns problemas de genética aqui no nosso instituto. Participei de uma palestra do Júlio Neves, fiquei surpreso com o poder do Shell Script. Hoje acredito que, mesmo gostando muito da PHP e a uso com frequência em scripts web, o Shell Script seria mais rápido para todas rotinas que temos aqui no nosso laboratório de bioinformática.

Resolvi então mandar um script "teste" em php para ser reescrito em shell script. Alguém poderia fazer essa gentileza?
Segue o script em php:

<?php

        error_reporting(E_ALL);

        $splits_handle = fopen("texto.txt", "r");

        while (!feof($splits_handle)) {

                $line = rtrim(fgets($splits_handle));

                if ($line != "") {

                        if (isset($splits[$line])) $splits[$line] ++;

                        else $splits[$line] = 1;

                }

        }

        foreach ($splits as $key => $valor){

                echo $key ."=>".$valor."\n";

        }

        fclose($splits_handle);

?>

 

Dentro do arquivo "texto.txt" tem uma coluna de letras aleatórias (ACTGGTACGTATGCA....) eu preciso saber a quantidade de cada letra presente no arquivo.

Agradeço demais se alguém mandar esse script em Shell, terei uma noção do quão é valida a mudança de PHP para Shell Script.

luisrcs
(usa Linux Mint)

Enviado em 20/03/2012 - 11:53h

<?php

  error_reporting(E_ALL);

  $splits_handle = fopen("texto.txt", "r");

  while(!feof($splits_handle)){

    $line = rtrim(fgets($splits_handle));

    if($line != ""){

      if(isset($splits[$line])) $splits[$line]++;

      else $splits[$line] = 1;

    }

  }

  foreach ($splits as $key => $valor){

    echo $key ."=>".$valor."\n";

  }

  fclose($splits_handle);

?>

 

Só pra ficar mais visível.

ed_teixeira
(usa RedHat)

Enviado em 20/03/2012 - 12:10h

Mil desculpas amigo,

Nunca postei aqui, daí presumi que usando o <code></code> funcionaria. Acredito que vou utilizar este fórum por muito, mas muito tempo mesmo, já que estou decidindo pelo Shell Script, então seria possível você me ensinar como limito o código.

Obrigado

luisrcs
(usa Linux Mint)

Enviado em 20/03/2012 - 17:54h

As tags aqui são entre colchetes: ['code'] ['/code']

Sem a aspas. Só as coloquei pra ficar visível.

removido
(usa Nenhuma)

Enviado em 20/03/2012 - 18:19h

#!/bin/bash

# package    http://sekysu.blogspot.com

# - Uma tradução de um script php

#

# file       translateFromPhp.sh

#

# since      2012-03-20 18:15 (GMT -03:00)

#

# license    GPL v2.0

# charset    UTF-8

# endofline  Linux

# system     GNU bash, version 3.1.17(2)-release i486 slackware 12.2

# autor      Paulo Riceli Dias Lelis [ http://sekysu.blogspot.com  ]

#

OIFS=$IFS

IFS=$(echo -e "\n")

COUNTER=1



while read LINES

do

	if [ ${#LINES} -gt 0 ]

	then

		echo "${COUNTER} => ${LINES}"

		let COUNTER=COUNTER+1

	fi

done < texto.txt



IFS=$OIFS



 

alexandregms
(usa Ubuntu)

Enviado em 20/03/2012 - 18:35h

Este script deve ser executado com um parâmetro, sendo ele a letra que vc deseja encontrar. Ao final, vc receberá se a letra existe ou não no arquivo e o número de vezes que a mesma apareceu. Caso você não inclua um parâmetro, o script lhe avisará para digitar:

#!/bin/bash

if [ -z $1 ]; then



    echo "Deve-se escolher uma letra"

    exit 1



fi



array=( ${array[@]} `cat arquivo.txt` )

TAM=$(echo ${#array})



    j=0

    while [ $j -le $TAM ]

    do



            echo ${array:$j:1} | grep $1 &> /dev/null

            if [ $? -eq 0 ]; then



                let k++



            fi

            let j++



    done



    test ! -z $k && echo "A letra $1 apareceu $k vezes" || echo "A letra $1 nao consta no arquivo"



 

Exemplo para vc usar:

$ ./script.sh A
A letra A apareceu 4 vezes

$ ./script.sh B
A letra B nao consta no arquivo

$ ./script.sh T
A letra T apareceu 3 vezes

removido
(usa Nenhuma)

Enviado em 20/03/2012 - 18:36h

No link abaixo você poderá ler uma explicação um pouco mais detalhada do que foi usado neste script.

http://sekysu.blogspot.com.br/2012/02/como-ler-um-arquivo-linha-por-linha-em.html

BOA SORTE!!!

removido
(usa Nenhuma)

Enviado em 20/03/2012 - 20:05h

#!/bin/bash

#

# Uso        $0 [letra] [arquivo]

# saida      [linha];[ vezes que aparece ]

#

# system     GNU bash, version 3.1.17(2)-release i486 slackware 12.2

# autor      Paulo Riceli Dias Lelis [ http://sekysu.blogspot.com  ]

#





function _counterChars()

{

	echo $1 |

	sed "s/[^$2]//g" |

	wc -m |

	sed 's/[^0-9]//g'

}



function _fileExists()

{

	if [ -r $1 ]

	then

		echo $1

	else

		kill -s 15 $$

	fi

}



if [ ! -z $1 ] && [ ! -z $2 ]

then

	OIFS=$IFS

	IFS=$( echo -e "\n" )



	INPUT_ARQ=$( _fileExists $2 )

	SEARCHE=$1



	COUNTER=0



	while read LINE

	do

		let COUNTER=COUNTER+1

		if [ ${#LINE} -gt 0 ]

		then

			LEN=$(( $( _counterChars $LINE $SEARCHE ) - 1 ))

			if [ ${LEN} -gt 0 ]

			then

				echo "${COUNTER};${LEN}"

			fi

		fi

	done < $INPUT_ARQ

	IFS=$OIFS

fi

 

O exemplo abaixo retornaria apenas as linhas com exactamente 5 letras A

script.sh A texto.txt | grep ';5'