Remover palavra de um texto sem deixar espaço em branco [RESOLVIDO]

Nbarth
(usa Outra)

Enviado em 30/12/2016 - 23:06h

Oi Pessoal tudo bem?

Tenho um arquivo de texto enoooorme com muitas bases de DNA e preciso retirar os milhões de letras "n" que constam no arquivo.

Usei este comando (sed "s/palavra_que_vc_quer_retirar//g" arquivo.txt > arquivomodificado.txt) que achei em outro tópico daqui que funcionou perfeitamente, péorm o texto ficou com os espaços em branco enormes onde antes continham letra "n".

Tem como "aprimorar" esse comando e fazer os espaços em branco desaparecerem junto com esses malditos "n"???

Por favor me ajudem!!!

Obrigada!

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 30/12/2016 - 23:21h

a princípio teria q avaliar como está esse seu texto ... ma supondo que essas letras 'n' estejam com 1 espaço na frente e outro espaço atrás e vc queira deixar 1 único espaço simples seria assim

sed 's/\ n//g' nome-do-arquivo 

se não for isso que vc precisa vc vai ter que mandar um trecho pra gente ver certinho do q vc precisa !!!
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" Nem sempre é amigo aquele que te tira do buraco !!! ( Saddam Hussein )"

Nbarth
(usa Outra)

Enviado em 30/12/2016 - 23:47h

O arquivo é mais ou menos assim:

>scaffold_0
GCCCACGCCACTTCTGACGCAGCCCGAAGCAGTCAATTTGTTGCTGCAGGAGGCGATTGAGACTTTCAAATACCTCGGGG
TTGAGCTTTTTGCGCGCTTTGCAGAAGGCCTGCGCAGTGACCATTTGCGTCTCAGTCGACGCCTGATAGAGTACGCGATA
GAACTGATCGAGTTCGGTTTGCAGGGCCGTGCGCGGCTGATTGAGCAGGAACAGGACGAGGTTCTTGAAGGTGAGCTGGC
GTCGGCGGGGAAAGTCTTGAGGATTCTGGCGGGGGGCGGCGATGAAGGCGGGACAATCGAGCGGACTGGTTATTTTTTGT
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn

Só que multiplica as linhas com letras maiusculas por 300x e as com "n" por 200x.
É humanamente impossível selecionar todos os "n" e deletar manualmente, por isso precisava muito de um comando que fizesse isso.
O comando que postei ali antes tirou os "n", mas deixou o espaço em branco gigantesco onde eles estavam...

Obrigada!!!

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 31/12/2016 - 00:07h

deixa eu te perguntar ... esses 'n' todos são consecutivos e sempre iniciam uma linha ???
Alguma outra linha inicia por 'n' minúsculo ??
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" Nem sempre é amigo aquele que te tira do buraco !!! ( Saddam Hussein )"

removido
(usa Nenhuma)

Enviado em 31/12/2016 - 00:09h

Bom, com o exemplo que você postou consegui com a seguinte expressão:

s/n*$//g;/^$/d 

No primeiro bloco (s/n*$//g) o sed remove o primeiro n e os seguintes (g) até o final da linha ($). No segundo bloco (/^$/d), o sed remove as linhas em branco deixadas pelo n.
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Linux Counter: #596371

Nbarth
(usa Outra)

Enviado em 31/12/2016 - 00:15h

São sempre minusculos e quando eles aparecem são em uma nova linha, mas que se repete inumeras vezes.

Nbarth
(usa Outra)

Enviado em 31/12/2016 - 00:17h

Desculpa a burrice, mas onde coloco o nome do arquivo e o nome do novo arquivo que será criado nesse comando?

Mauriciodez
(usa Debian)

Enviado em 31/12/2016 - 00:18h

então tá fácil

para ver como vai ficar vc usa esse

sed '/^n/d' nome-do-arquivo 

para modificar o arquivo vc colocar o parâmetro '-i'

sed -i '/^n/d' nome-do-arquivo 

ele apaga todas as linhas q começam com 'n' !!!
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removido
(usa Nenhuma)

Enviado em 31/12/2016 - 00:20h

O comando completo ficaria:

sed 's/n*$//g;/^$/d' arquivo_original > arquivo_novo 

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Linux Counter: #596371

Nbarth
(usa Outra)

Enviado em 31/12/2016 - 00:51h

Gente muito obrigada, vcs são demais!
Tanto o comando do Mauriciodez quanto o do ru4n funcionaram perfeitamente!
A diferença é que o primeiro modifica o próprio arquivo e o segundo cria um arquivo novo.

Salvaram minha vida!!! Obrigadão e boa virada de ano pra vcs!!!

Nbarth
(usa Outra)

Enviado em 31/12/2016 - 02:00h

Sim! Muito obrigada pela ajuda e pela baita aula!