Erro compilação mpiblast

cleysinhonv
(usa Ubuntu)

Enviado em 02/09/2010 - 09:58h

Olá Pessoal,

Em meus processos de instalação do mpiblast (blast para computação paralela), ocorreram vários erros. 1º configurei a compilação para o uso do MPI (Message Passing Interface) com o comando:

#./configure --with-mpi=/opt/mirror/mpich2/ --enable-MPI_Alloc_mem

em seguida com o comando make, retornaram o erro gigantesco. se alguém poder ajudar-me, aceito qualquer sugestão. (Mais detalhes no decorrer da discussão)

Download pode ser feito aqui ==> http://www.mpiblast.org/Downloads/Survey?filename=mpiBLAST-1.6.0.tgz


root@poseidon:/opt/mirror/mpiblast-1.6.0# make
Making all in src
make[1]: Entrando no diretório `/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/src'
make all-am
make[2]: Entrando no diretório `/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/src'
/opt/mirror/mpich2/bin/mpicxx -DHAVE_CONFIG_H -I. -DUSING_MPI -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -DINSTALL_PREFIX="\"/usr/local\"" -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -I../include/ -I/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/include/ -I/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ -g -O2 -MT mpiblast-blastjob.o -MD -MP -MF .deps/mpiblast-blastjob.Tpo -c -o mpiblast-blastjob.o `test -f 'blastjob.cpp' || echo './'`blastjob.cpp
In file included from blast_wrapper.hpp:54,
from mpiblast.hpp:79,
from blastjob.cpp:50:
/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbi.h:57:21: error: ncbilcl.h: Arquivo ou diretório não encontrado
In file included from /opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbi.h:58,
from blast_wrapper.hpp:54,
from mpiblast.hpp:79,
from blastjob.cpp:50:
/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbistd.h:96:31: error: connect/ncbi_core.h: Arquivo ou diretório não encontrado
In file included from mpiblast.hpp:79,
from blastjob.cpp:50:
blast_wrapper.hpp:55:20: error: objseq.h: Arquivo ou diretório não encontrado
In file included from blast_wrapper.hpp:56,
from mpiblast.hpp:79,
from blastjob.cpp:50:
pio_intercept.h:60:21: error: txalign.h: Arquivo ou diretório não encontrado
In file included from blastjob.cpp:50:
mpiblast.hpp:85:22: error: blastdef.h: Arquivo ou diretório não encontrado
mpiblast.hpp:90:33: error: connect/ncbi_core_c.h: Arquivo ou diretório não encontrado
In file included from /opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbierr.h:105,
from /opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbimsg.h:78,
from /opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbi.h:60,
from blast_wrapper.hpp:54,
from mpiblast.hpp:79,
from blastjob.cpp:50:
/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbimisc.h:158: error: expected initializer before ‘PROTO’
/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbimisc.h:159: error: expected initializer before ‘PROTO’
/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbimisc.h:163: error: expected initializer before ‘PROTO’
/opt/mirror/mpiblast-1.6.0/ncbi/corelib/ncbimisc.h:164: error: expected initializer before ‘PROTO’
..............................

liviocf
(usa Ubuntu)

Enviado em 02/09/2010 - 10:11h

Olá! Só agora que vc me convidou pra participar foi que descobri a comunidade! E tenho muito interesse em contribuir com o desenvolvimento da bioinformática!
Sobre o mpiblast, tenho alguma experiência! Tentei instalar uma vez no OpenSuse, mas minha tentativa não foi bem sucedida! Depois de tentar (apanhar) bastante, desisti (não estou sugerindo isso!!)! Mas nas duas outras instalações deram certo no Fedora 5 e no CentOS 5, mas lembro-me de ter usado o mpiblast já compilado em .rpm e até acredito que exista uma versão pro OpenSuse! Mas não sei se vc está interessado somente em instalar o básico!
Mas tentarei ajudar na medida do possível! Você tentou compilar em outro sistema? Sempre desconfio do Suse...

cleysinhonv
(usa Ubuntu)

Enviado em 02/09/2010 - 11:57h

Olá Lívio,

Estou instando em servidores derivados do Debian (Ubuntu), eu uso opensuse no desktop do trabalho, foi boa a sua sugestão, por que aqui na universidade onde trabalho, está em processo de aquisição do cluster, que possui o sistema operacional openSuse. Vou testar e lhe retornar.

Porém compilar o código fonte está tenso.

Valeu!

liviocf
(usa Ubuntu)

Enviado em 02/09/2010 - 14:07h

Sobre o cluster, também tive essa experiência, em montar um cluster, com apenas 5 máquinas, mas serviu pra algumas coisinhas! Sobre isso, nós não compramos o cluster pronto, mas as máquinas e depois montamos a partir de distribuições voltadas para isso!
Conseguimos fazer funcionar muito bem com a distro OSCAR e melhor ainda com a RocksCluster! Essa última eu recomendo bastante, pois mantém tudo bem atualizado e possui um amplo número de softwares para bioinformática, dentre eles o mpiblast!
De longe é a melhor dentro das Open Source que conheço!
Está ai a dica!
Valeu!

cleysinhonv
(usa Ubuntu)

Enviado em 02/09/2010 - 14:55h

Há dois dias atrás encontrei essa distro, vou testa-la e sugerir para uso aqui em nosso setor de trabalho. Durante dois meses testamos vários patchs para kernel como mosix, mas não atendeu as necessidades, que é o suporte a memória compartilhada. Como essa nova opção podemos testar e apresentar uma melhor solução.
O suporte a MPI é muito importante, os software de bioinformática consomem muito recurso do computador e levam bastante tempo para realizar as tarefas propostas.

Ótima indicação!

cleysinhonv
(usa Ubuntu)

Enviado em 23/09/2010 - 14:43h

A distro Rocks Cluster parece ser realmente boa, porém não estou conseguindo instalar-la no disco. A primeira dificuldade foi conseguir baixar a distro a traxa de tranferência do site é muito baixa e baixar todos os isos não foi fácil.

Bom como você já tem a experiencia com o Rocks poderia dar uma dicas de como instalar?

liviocf
(usa Ubuntu)

Enviado em 21/10/2010 - 11:52h

Tive alguns problemas pra instalar o cluster, mas foram resolvidos:
- baixei as imagens para DVD 86x_64, que foi bem demorado;
- tive que criar disquetes de PXE boot para conseguir dar boot via lan, pois as placas de rede não tinham tal função;
- tive que desabilitar o controle acpi pela placa, pois as placas da nvidia dificultaram o processo;
- 2 placas de rede no frontend e o manual do Rocks Cluster do lado fui seguindo o passo-a-passo deles;
- depois instalei os nós por linha de comando #insert-ethers e selecionando a opção Compute;
- após a instalação dos nós as coisas funcionaram direitinho!

Abraço