Looping

1. Looping

Ana Carolina de Oliveira Maciel
anamaciel404

(usa Linux Mint)

Enviado em 31/03/2017 - 09:09h

Olá, Linuxers!
Gostaria de lhes pedir ajuda para: tenho um conjunto de inputs que preciso submeter num cluster e necessito de um script para Linux que os leia e faça-os rodar em sequência. Podem me ajudar?

Agradeço desde já.
Bom dia!


  


2. Re: Looping

Renan Arantes
R3nan

(usa Debian)

Enviado em 31/03/2017 - 09:16h

explique melhor sua necessidade


3. Looping

Ana Carolina de Oliveira Maciel
anamaciel404

(usa Linux Mint)

Enviado em 31/03/2017 - 15:35h

R3nan, eu tenho vários inputs, aonde estão as informações sobre minhas moléculas. Eu gostaria de rodar vários cálculos sem a necessidade de submetê-los um a um no cluster, mas fazer com o Linux fizesse esse processo de submeter para mim.


4. Re: Looping

Renan Arantes
R3nan

(usa Debian)

Enviado em 31/03/2017 - 16:43h

oi Ana tem como vc dar um exemplo ? como é especifico da sua área um exemplo pode ajudar o pessoal a intender melhor a sua necessidade, talvez um exemplo com uma analogia que todos intendam.


5. Re: Looping

Ana Carolina de Oliveira Maciel
anamaciel404

(usa Linux Mint)

Enviado em 11/04/2017 - 09:07h

Bom dia! Tudo bem?
Desculpe-me a demora.

Bem, quanto ao exemplo, fiz um exemplo para numa molécula de água. Eu quero rodar um cálculo para saber a energia total da molécula e saber qual sua geometria otimizada (OPT), porque ela representa a geometria de menor energia do meu sistema. Assim, eu preciso dizer ao meu programa suas características: o método (RHF), que é utilizado para moléculas com carga zero, isto é, neutras (por isso do 0 ao lado do "xyz" e, portanto, multiplicidade de spin igual a 1); além da geometria da molécula, que foi gerada por um programa de edição molecular, ou seja, a posição dos átomos da minha molécula no espaço.
Como às vezes temos mais de um cálculo como esse, é ruim ficar submetendo um a um. Desta forma, eu gostaria de saber como fazer um loooping para que o Linux chamasse e rodasse esses inputs sem eu precisar submeter um a um. (Desculpa pela explicação, ainda não sei quase nada em Linux)

#Início_do_input

! RHF OPT def2-TZVP

* xyz 0 1
O -1.50529 0.90475 0.00000
H -2.19243 0.22153 0.00000
H -0.67632 0.40299 0.00000
*

#fim_do_input






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