Rodar o Siesta em Paralelo!! [RESOLVIDO]

1. Rodar o Siesta em Paralelo!! [RESOLVIDO]

guisawyer
(usa Ubuntu)

Enviado em 04/12/2013 - 10:06h

Não sei se escolhe o grupo certo para fazer essa pergunta, mas...
o siesta é um programa q usa o fortran e por isso escolhi esse grupo para fazer a seguinte questão!

Para rodar o Siesta em paralelo eu precisei instalar os seguintes pacotes:
MPI
Blacs
Scalapack

e copilar novamente o Siesta para q ele reconhece esses novos pacotes e consiga rodar em paralelo!!

Mas quando eu mando rodar o siesta:
mpirun -np 4 siesta < input.fdf > output

mpirun noticed that process rank 1 with PID 17811 on node guilherme-Inspiron-N5010 exited on signal 6 (Aborted).

Mas quando eu mando rodar:
mpirun -np 1 siesta < input.fdf > output
o programa roda tranquilo!!
Mas assim ele roda usando somente um núcleo!!
e perde o sentido!!

VAleu!!

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2. MELHOR RESPOSTA

Buckminster
(usa Debian)

Enviado em 15/12/2013 - 02:26h

Veja isto:
http://www.ifi.unicamp.br/gsonm/wiki/index.php/Siesta

Adapte para a sua versão do Siesta.

Você pode tentar também seguindo os procedimentos desse link adaptando para sua máquina:
http://www.vivaolinux.com.br/artigo/Montagem-de-Cluster?pagina=7

Com essa instalação do link Montagem de Cluster acima (em Português), em um core i5, com o comando mpirun -np 4 /opt/siesta..., veja:

* Running on 4 nodes in parallel

Somente na configuração do Siesta no ../Src/configure, na biblioteca BLACS você coloque assim: --with-blacs="/opt/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a /opt/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a /opt/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a", substituindo somente esse parâmetro. Os outros você deixa igual.

Obs.: O moderador já alterou o parâmetro acima no artigo. Eu tinha cometido um lapso.

Qualquer dúvida, posta aqui.

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3. Re: Rodar o Siesta em Paralelo!! [RESOLVIDO]

guisawyer
(usa Ubuntu)

Enviado em 22/12/2013 - 13:52h

Valeu Buckminster,
eu já havia conseguido, mas na forma q vc postou está um pouco diferente... irei fazer essas mudanças e vê se muda algo!!
valeu mesmo!!
depois eu posto aqui como eu fiz!!

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4. Re: Rodar o Siesta em Paralelo!! [RESOLVIDO]

Buckminster
(usa Debian)

Enviado em 22/12/2013 - 16:24h

guisawyer escreveu:

Valeu Buckminster,
eu já havia conseguido, mas na forma q vc postou está um pouco diferente... irei fazer essas mudanças e vê se muda algo!!
valeu mesmo!!
depois eu posto aqui como eu fiz!!

De nada.

Qualquer dúvida é só postar.

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