Para deixar o Fluxbox com menu transparente você precisa instalar a versão 0.9.8. Você pode baixá-la em:
http://membres.lycos.fr/goldbladebr/slackinstall/fluxbox-0.9.8.tar.gz

Descompacte o arquivo:

$ tar xzvf fluxbox-0.9.8.tar.gz
$ cd fluxbox-0.9.8
$ ./configure
$ make
$ su
# make install

OBS: aconselho desinstalar o fluxbox antes se já o tiver instalado em outra versão.

Com o fluxbox instalado, para deixar o menu transparente edite o arquivo ~/.fluxbox/init e procure pela a linha:

session.screen0.menuAlpha:      255

O que fazer agora? Altere o valor para por exemplo 158.

Salve o arquivo e mande ler o config novamente usando o menu do Fluxbox na parte de config e pronto, seu Fluxbox está com menu transparente.

Qualquer duvida me contate:

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;) use linux e seja livre

Fiz esse tuto a pedido do nopp =)