Ao descompactar no gerenciador de arquivos para Linux Nautilus, clicando com o botão direito sobre o arquivo e "Extrair aqui":

• Se o pacote contiver um único arquivo ele será descompactado.
• Caso tenha mais de um arquivo e não tenha sido compactado com um diretório, será criado um diretório com o mesmo nome do arquivo. No Windows os arquivos serão misturados com os existentes no diretório atual.

E ao copiar um diretório ou vários arquivos para destino que já tenha arquivos com o mesmo nome, temos a excelente opção mesclar, que copia apenas os arquivos não existentes no destino. Temos também a opção ignorar todos (ignora os repetidos). O Windows não tem nenhuma das duas.

Mais dicas sobre o assunto aqui:

• http://ribafs.org/portal/colaboracoes/1-ribamar-fs/153-vantagens-do-linux-sobre-o-windows