Dica testada no Linux Mint 18.3 MATE.

Primeiramente: não sei a causa do problema.

Descrição do problema: o sistema reconhece dois monitores, um de laptop (LVDS1) e outro conectado via VGA (VGA1). Mas acontece que não há nenhum monitor de laptop conectado! Isso faz com que a tela de login do sistema fique desconfigurada, bem como docks e papéis de parede.

Solução: desabilitar o monitor "fantasma" LVDS1 durante o boot.

Para isso basta editar um arquivo do GRUB:

# nano /etc/default/grub

Onde tem:

GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash"

Deixe:


Ou seja, acrescente "quiet splash video=LVDS-1:d".

Depois:

# update-grub

Reinicie o sistema para testar.

Fonte: linux - Disabling laptop monitor on boot? - Super User