Caso alguém mais experiente queira acrescentar/criticar/corrigir essa dica, por favor, faça. Sou novato em Funtoo.
Após instalar Funtoo, achei que meu sistema estava multilib devido ao profile. Escolhi " /linux-gnu/arch/x86-64bit" ao invés de "inux-gnu/arch/pure64".
Mas isso não basta, como vim a descobrir depois. Tudo bem que o Steam rodava, o Skype também etc. Mas, depois de um tempo, ao atualizar o sistema, surgiram vários pacotes bloqueados.
Pensei que teria que lidar com todos eles um por um, mas não foi preciso. Aqui descrevo o que fiz para resolver.
Primeiro removi todos os pacotes "app-emulation/emul-linux*" (apareciam bloqueados). Depois mascarei um pacote que estava com conflito de versões (não tem a ver com o multilib, mas fez parte do processo), adicionando "=dev-libs/nettle-3.1::gentoo" em package.mask.