Compilar o kernel do Linux para uma arquitetura não x86 (desde que suportada pelo kernel), é uma barbada. Veja só:

Modifique o Makefile que está na raiz do fonte. Basta localizar a variável $ARCH e colocar o valor apropriado (as opções válidas são os nomes dos subdiretórios do diretório arch/). Na maioria dos casos (bem perto dos 100%) você terá que usar um cross-compiler. Se este for o caso, altere também a variável $CROSS-COMPILE para conter o prefixo do cross-compiler que deve ser utilizado (como por exemplo arm-linux-). Agora basta executar o "make menuconfig" e selecionar as opções desejadas. Por último, execute:

# make (compila tudo)
# make modules (compila só os módulos)
# make Image (compila kernel descompactado)
# make zImage (compila kernel compactado)

Espero que esta singela dica possa ser de utilidade para alguém.

Abraços
Marcos Henrique Esteves Barbosa
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th3h4ck3r.blogspot.com