Aqui está um tutorial bem básico que ensina a instalar o VirtualBox no Kali Linux sem problemas.

1. Baixe o arquivo mais atualizado ou da versão que você quiser aqui:

• https://www.virtualbox.org/wiki/Linux_Downloads

Lembre-se de baixar o "all distributions" e não o do Debian.

2. Vá até a pasta que baixou e pelo terminal dê o comando:

# chmod +x <Nome do arquivo>

3. Instale os linux-headers para o sucesso da instalação com o comando:

# apt-get update && apt-get install apt-get install -y linux-headers-amd64 linux-headers-4.14.0-kali3-amd64

4. Na pasta do arquivo execute o arquivo que você baixou com:

# ./<nome do arquivo>

Obs.: o arquivo se encontrará em /opt/VirtualBox.