Cada dominio com seu php.ini

Como configurar o Apache no linux para que cada domínio tenha seu próprio php.ini, no qual alteração no php.ini de um domínio não afete outro domínio!

Bom dia.
Amigo, para isto você deve instalar o suPHP, veja meu phpinfo: http://www.hardwareseguro.com.br/info.php
Em "Loaded Configuration File" ele pega o PHP.ini de cada site. E após instalar o suPHP o Server API roda como CGI/FastCGI que é muito melhor que o Apache 2.0 Handler.
Indico também que após inserir o php.ini você faça o comando chattr +i php.ini, assim nem o root tem permissão para alterar ele.

chattr +i (bloqueia escrita)
chattr -i (libera escrita)

de uma olhada no suphp

http://www.suphp.org/Home.html

https://widecombrasil.com.br/blog/index.php/2010/01/suphp-seguranca-para-seu-servidor-compartilhado


espero que ajude