com o dispositivo (pendrive) montado
#fdisk -l
para verificar qual dispositivo o sistema montou o pendrive, por exemplo: /dev/sda, /dev/sdb, /dev/sdc, e sabendo isso, faça
#mkfs.vfat /dev/<dispositivo
PS: considerando que o sistema de arquivos do pendrive é o padrão de fabrica (vfat).