Shell Script e php

Galera estou com a seguinte duvida, vou chamar um shell script a partir do php, so que tem um momento que tenho que fazer um diff e a partir da resposta deste diff ( caso se for o tamanho dele for maior que 0 ) ele ira pedir confirmação para poder realizar o resto do codigo e nao tenho menor ideia, alguem ja fez isso ou sabe pra onde ir!

Achei isto aqui:

http://articles.techrepublic.com.com/5100-10878_11-6133601.html

[...] exec() comes with two optional parameters. The first of these is an array, which gets filled with every line of output resulting from the command; the second is a variable which holds the status code returned by the command.

exec('ls -l', $data, $ret); // execute command, output is array