Enviado em 19/05/2016 - 23:06h
Lucas, eu estive usando o Ubuntu 16.04 LTS por algum tempo, e isso nunca aconteceu. Se ele não está lendo/extraindo as informações dos pacotes que ele baixa, o comando "sudo apt-get upgrade" não está acusando pacotes de atualização, certo?
Geralmente, problemas como o seu acontecem porque você aborta uma operação do tipo que o Terminal está fazendo. Nunca apague os arquivos ocultos de sua pasta pessoal, os quais você pode desocultar. A sua exclusão também causa o problema que você tá tendo, falo por experiência própria
Digite os seguintes comando, na ordem:
sudo apt-get install -f
sudo apt-get upgrade -f
sudo apt-get dist-upgrade -f
sudo dpkg --configure -a (Seu erro é que você estava digitando só esse)
sudo apt-get clean
sudo reboot
Após, tente usar novamente o sudo apt-get update e veja se o problema persiste. Se sim, grite aqui!!!