Adicionar aplicativo de sessão sem utilizar interface gráfica

Procurei na internet e não achei nenhuma forma de adicionar um aplicativo para ele iniciar assim que o computador dar boot sem utilizar a interface gráfica do aplicativo de sessão e gostaria se tem uma forma de fazer isso.

sim tem sim
que aplicativo é ?

É um script .sh que eu quero que rode assim que o sistema inicialize, eu já tentei adicionar no rc.local, mas o problema é que se colocar no rc.local ele inicializa antes do sistema ter inicializado, aí esse script tenta abrir alguns programas que ainda n podem ser abertos.

assim no rc.local tu tem que colocar o caminho completo desse script
e + a permissão pra executar

Você quis dizer após subir o X?
No caso de iniciar junto com o X (após o login), tem as pastas ~/.kde/Autostart (para KDE) e ~/.config/autostart. O conteúdo dentro dessas pastas tem que ser arquivos .desktop, mas dentro do parâmetro Exec você pode especificar um script.sh

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.'.

No caso de especificar globalmente (para todos os usuários), tem a pasta /etc/xdg/autostart.
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.'.

No arquivo ~/.bashrc

Tem esses que podem ser úteis;

~/.bashrc --> como o bilufe mencionou, esse arquivo é "lido" assim que você faz login em modo texto (ou quando abre o terminal)
~/.bash_profile --> igualmente o ~/.bashrc, mas para o ~/.bashrc ser executado, ele tem que estar especificado dentro do ~/.bash_profile
~/.xprofile --> inicia junto com o D.E