programas instalados por padrao

galera gostaria de saber se deixar vários programas instalados afeta o desempenho??

Depende da natureza do programa.

O Gimp ou Firefox só é carregado quando você chama(pelo terminal ou lançador de aplicativos, independente de qual seja o ambiente).

O MySql roda em segundo plano, sem que você perceba, e sim consome recursos

Se for programas que não se iniciem com o sistema, não tem problema.

O problema são os daemons que estão lá escondidos, executando em background.
As vezes vc instala algo e esquece de remover, mas o bendito pode estar lá rodando e consumindo sua memória e processamento!

Se quiser ver oq esta rodando na sua máquina use o comando abaixo

ps ax 

:°)

E enquanto á pergunta, afeta sim! mesmo que não esteja usando o programa na quele momento ele estará no seu hd, um exemplo clássico disto é usar o comando find em um hd com pouca coisa instalada e em outro com trocentos programas armazenados