Bom pessoal, migrei definitivamente para o linux recentemente e quero iniciar um projeto de programação (automação comercial). Que ferramenta vocês me indicariam? Preciso de uma linguagem orientada a objetos que seja opensource e que tenha uma IDE de boa qualidade. Tenho lido bastante a respeito nas comunidades aqui do VOL e a única coisa que consegui com isso foi ficar ainda mais confuso. Ainda bem, sinal de que fiz a escolha certa.

A maioria aqui vai entender se o Sr. utilizar o português mesmo.

Eu (note, eu) recomendo o Emacs como IDE e lhe volto à linguagens como C/C++ e Assembly (mesmo que a ideia do Sr. seja algo orientado a objetos).

O Sr. preciza descobrir qual linguagem se adequa melhor aos seus objetivos e com base nesta escolha o Sr. deve avaliar a escolha da melhor IDE.
Posso lhe citar alguns nomes famosos como Code Blocks, Eclipse, Netbeans, Lazarus, etc, mas de quem parte a escolha de quem é melhor é do próprio usuário.

Da para descrever o tipo de projeto e para o que ele se volta? Qual o tipo de aplicativo? Interage com banco de dados? É um projeto na web?

utiliza banco de dados e a aplicação é um controle de assistência técnica.

Perl, Python ou Java, são as minhas sugestões.

Java sem dúvidas! Como IDE você pode utilizar Eclipse, Netbeans, JDeveloper e outras mais.

Phyton, Java, PHP, Ruby, ....etc.

Aconselho você pegar uma que já tem um pouco de familiaridade e usar, não vai ter muita diferença do outro sistema que você usava.

A IDE, pode ser o NetBeans e/ou Eclipse.

Fiz um sistema de automação para Windows em Visual Studio C# porém uma pequena parte dele necessitava rodar em um servidor que era Linux então usei o MonoDevelop que tem opção para programar em C#. Mas tem muita gente que não gosta da idéia de programar em C# no linux.

No mono tudo que é dll para o windows funciona no linux desde que não venha a invocar WinAPIs a dll Windows.Form.dll fica horrível no linux eu aconselho a fazer os seus forms em GTK é facinho.