Depois de (re)compilar o kernel, ainda falta configurar uma série de drivers, periféricos e outras parafernálias. Em alguns casos, quando o administrador vai configurar o som, o ALSA passa a não funcionar de forma adequada. Isto pode ocorrer se você antes de compilar o kernel, utilizava um outro kernel com suporte externo ao ALSA, ou seja, o ALSA foi instalado via pacotes pré-compilados genericamente. Esta dica pode resolver outros problemas com o ALSA também, já que partiremos para a solução desde o ponto inicial.
A consequência da compilação do kernel é uma otimização do mesmo para uma arquitetura e periféricos específicos. O problema do ALSA do qual estamos falando ocorre quando tentamos rodar programas que vêm por padrão nos pacotes alsa-[driver, utils, tools, etc] em um kernel compilado especificamente para uma plataforma/arquitetura que não seja a utilizada na compilação do kernel genérico.
Uma ocasional verificação dessa dita incompatibilidade alsa-kernel pode ser vista através do "dmesg" depois de se tentar rodar um aplicativo que requer o ALSA.
Para solucionar problemas com o alsa, certifique-se de que o kernel foi compilado sem ALSA nem OSS, apenas um suporte modular à saída de som. Podemos verificar se você está com essa configuração dando uma olhada no seu .config do kernel. Para quem usa kernel genérico, é quase certeza que o kernel está como queremos.
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# Sound
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CONFIG_SOUND=m
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# Advanced Linux Sound Architecture
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# CONFIG_SND is not set
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# Open Sound System
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# CONFIG_SOUND_PRIME is not set