Esta dica eu apliquei em meu Ubuntu 10.04-3-LTS, pois alguns ícones da bandeja teimavam em ficar com "fundo" diferente do aplicado ao painel.

Vejam o antes (reparem na "lupa", ícone da "pesquisa/Beagle"):


E o depois:
Para obter o resultado acima, é preciso recorrer aos pacotes do "ppa:cyfex/ppa", notadamente o "gnome-panel" e o "gnome-panel-data".

Então, pelo terminal:

$ sudo add-apt-repository ppa:cyfex/ppa
$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install gnome-panel gnome-panel-data

Mate o painel (aqui não resolveu, mas você pode tentar) ou reinicie a sessão para que os ícones da bandeja não mais apresentem "fundo" diferente do aplicado ao próprio painel (fica muito feio um painel escuro e um ícone com fundo branco).

Comando para 'matar' (reiniciar) o painel:

$ killall gnome-panel

Aqui a página do PPA indicado:

• https://launchpad.net/~cyfex/+archive/ppa

Aqui a discussão sobre o assunto como "bug":

• https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/banshee/+bug/403135/+index?comments=all

Até a próxima dica.

[1] Comentário enviado por mikemldo em 22/12/2011 - 12:08h:

Percebi que são alguns aplicativos que possuem ícones com fundo branco. Resolvi a situação alterando o fundo do ícone (PNG) com o GIMP no /usr/share...

[2] Comentário enviado por removido em 22/12/2011 - 13:37h:

Interessante, André!

Você pode me dizer se isso ai também funciona com o Amsn?

[3] Comentário enviado por pinduvoz em 22/12/2011 - 17:47h:

Sim, deve funcionar também com amsn.

[4] Comentário enviado por bilufe em 23/12/2011 - 15:26h:

Não mudou em nada aqui.

O aMSN continua a ter o fundo diferente.

[5] Comentário enviado por pinduvoz em 23/12/2011 - 21:13h:

Então vc não instalou direito, porque aqui o aMSN fica com o fundo correto.

[6] Comentário enviado por pinduvoz em 23/12/2011 - 21:16h:

Aqui a prova de que funciona, pois se não funcionasse eu não teria postado.

http://i178.photobucket.com/albums/w274/pinduvoz/painel.png

Na imagem a notificação do hotmail e o ícone do aMSN, ambos sem "fundo branco".

[7] Comentário enviado por removido em 02/01/2012 - 16:57h:

Realmente funciona, e muito bem!!

Grande dica essa andré, gostei mt, ficou perfeito e o icone do aMSN fica igualsinho ao tema do painel.MT bom msm.

=D

[8] Comentário enviado por pinduvoz em 03/01/2012 - 22:18h:

Bom saber que funcionou para mais alguém além de mim.