Suponha que você tem um domínio criado seudominio.com.br e que você já tenha o configurado, mas por uma questão comercial você tem que criar um subdomínio, ou seja, www.reparticao.meudominio.com.br ou www.filial.meudominio.com.br. Demonstrarei abaixo um passo a passo de como fazer isso.

Partindo do princípio de que você já tem o DNS configurado e funcionando numa determinada zona meudominio.com.br, altere o arquivo de configuração dessa zona, que geralmente é o mesmo nome meudominio.com.br, encontrado em /var/named/var/named/meudominio.com.br. Dentro desse arquivo inclua as seguintes configurações:

@       24h   IN   NS    server. meudominio.com.br.
        24h   IN   NS    server. meudominio.com.br.
filial  24h   IN   NS    filial. meudominio.com.br.

No final do arquivo ou logo abaixo dessas linhas:

filial     24h     IN      A   "IP"  

Entendendo a configuração acima:

• server.meudominio.com.br. é o nome que resolve para teu servidor, como disse antes vou supor que isso está funcionando.
• filial é o subdomínio que estamos criando, o que no final irá resultar em www.filial.meudominio.com.br. Altere essas configurações de acordo com a sua necessidade, não esquecendo de levar em consideração no decorrer.

No named.conf você irá criar as linhas como se fosse uma zona normal, segue exemplo:

zone "filial.meudominio.com.br" {
        type master;
        file "filial. meudominio.com.br";
};

OBS: Na linha "file" indica o nome do arquivo que iremos criar o subdomínio, não esqueça de alterar caso você use outro padrão.

Crie o respectivo arquivo filial.meudominio.com.br e dentro dele acrescente as linhas que normalmente se tem num arquivo de configuração de zona, recomendo que copie o arquivo de uma zona existente fazendo somente as devidas alterações.

No inicio desse arquivo terá de conter as seguintes linhas:

@        IN    NS    server. meudominio.com.br.
filial   24h   IN    NS    server. meudominio.com.br.
         24h   IN    NS    server. meudominio.com.br.

Pronto a partir dessas linhas insira normalmente no arquivo com as demais configurações. Exemplo:

www          IN     A    "IP"
intranet     IN     A    "IP"
smtp         IN     A    "IP"

Agora observe apenas o dono e o grupo alterando com o comando "chown" se for necessário desse novo arquivo filial.meudominio.com.br, para que não dê problema no momento de pararmos e iniciarmos o named.

Reinicialize o serviço do named, se for uma distribuição que trabalha com service digite apenas "service named stop" e em seguida "service named start".

Verifique o log que geralmente por padrão é gravado em /var/log/messages, observe se ele delegou o meudominio.com.br como master, deve aparecer mensagem parecido com isso:

dns_master_load: meudominio.com.br:10: TTL set to prior TTL (5)
dns_master_load: meudominio.com.br:11: TTL set to prior TTL (5)

Agora finalize os teste com "ping www.filial.meudominio.com.br".