Um problema que surge as vezes é ter um arquivo com um tipo especifico de encoding e ser necessário converter para outro tipo específico de encoding.

Caso você esteja utilizando o sistema operacional Linux você poder utilizar o comando iconv para resolver tal problema através do terminal.

Sintaxe:

$ iconv --from-code = encoding-origem --to-code = encoding-destino arquivo-origem > arquivo-destino

Onde:

• encoding-origem = Encoding do arquivo de origem;
• encoding-destino = Encoding do arquivo destino;
• arquivo-origem = Arquivo original que tem como seu encoding o encoding-origem;
• arquivo-destino = Arquivo a ser gerado que tem como seu encoding o encoding-destino.

Exemplo:

$ iconv --from-code=ISO-8859-1 --to-code=UTF-8 fileIso.txt > fileUtf.txt

Neste exemplo o arquivo origem (fileIso.txt) tem como tem como encoding ISO-8859-1 , já o arquivo destino (fileUtf.txt) terá como encoding UTF-8.

Fonte: http://maguscode.blogspot.com/