Existem distribuições que possuem utilitários para estas configurações, como Mandrake/Mandriva. Além disso, tanto o KDE quanto o Gnome também permitem este ajuste, fazendo com que trocentas versões do pingüim possam ser configuradas sem maiores problemas.
No KDE, vá em "kcontrol -> rede". No Gnome, "menu iniciar -> desktop -> preferências -> proxy da rede".
Prontinho, povão, mais uma diquinha moleza para nosso sistema operacional preferido!!!
;-)