Sumário

1. Sobre o PhyML
2. Menus do PhyML
   2.1 Submenu de entrada de dados
   2.2 Submenu de modelos de substituição
   2.3 submenu - Pesquisa de Árvore
3. Usando PhyML em linha de comando
4. Instalando PHYML em ambiente paralelizado
4.1Download do PHYML
5.0 Sobre o autor
6.0 Referências

1. Sobre o PhyML

O PhyML é um software utilizado para se fazer estimativa e probabilidade filogênica em alinhamento de sequências nucleotídicas ou sequências de anino acido. Atualmente está na versão 3.0, seu desenvolvimento teve participação de diversos cientistas de algumas universidades como apresenta o quadro abaixo: Stephane Guindon
Departamento de Estatística. Universidade de Auckland. New Zealand
Universidade de Montpellier II - CNRS UMR 5506. LIRMM. Montpellier França.
e-mail : guindon@stat.auckland.ac.nz

Olivier Gascuel
Universidade Montpellier II - CNRS UMR 5506. LIRMM. Montpellier França.
e-mail : gascuel@lirmm.fr

Jean-Francois Dufayard
Universidade Montpellier II - CNRS UMR 5506. LIRMM. Montpellier França.
e-mail : jeanfrancois.dufayard@gmail.com

** Authors (before 2006)... **

Wim Hodrijk
Atualmente trabalhando na 'Rede nacional de Bioinformática - National Bioinformatics Network'. Cape Town, Africa do Sul
e-mail : wim@santafe.edu

Franck Lethiec
Universidade Montpellier II - CNRS UMR 5506. LIRMM. Montpellier França.
e-mail : lethiec@lirmm.fr

Este software é utilizado em linha de comando e possui uma interface simples com diversas diretivas de configuração e parâmetros que correspondem métodos estáticos, analise de sequência e entre outros.

Os métodos utilizado pelo PhyML dá-se também por Máxima Verosimilhança para reconstrução Filogenética, o que possibilita encontrar a árvore que mais provavelmente explicaria a evolução de determinado indivíduo . Em seguida podemos verificar os menus e suas funções.

2. Menus do PhyML

Os parâmetros de configuração podem ser utilizados de duas formas: Um por meio da interface do software e outro por meio de comandos shell. A interface do pode ser usada acessando menus conforme as letras que identificam as funções, a seguir podemos apresentá-las.

2.1 Submenu de entrada de dados

[D] ............................... Data type (DNA/AA)

Tipo de dados. Podendo ser DNA ou aminoácido.

[I] ...... Input sequences interleaved (or sequential)

Entrada de intercalada de sequência.

[M] ....................... Analyze multiple data sets

Analise múltipla de dados.

2.2 Submenu de modelos de substituição

[M] ................. Model of nucleotide substitution

Modelo de substituição de Nucleotídios

[M] ................ Model of amino-acids substitution

Modelo de substituição de aminoácidos

[F] ................. Optimise equilibrium frequencies

Otimizar frequência

[F] . Amino acid frequencies (empirical/model defined)

Frequência de aminoácidos com modelo empírico definido

[T] .................... Ts/tv ratio (fixed/estimated)

Fixar ou estimar transcrição / transversão com relação a Máxima Verosimilhança

[V] . Proportion of invariable sites (fixed/estimated)

Proporção de viabilidade fixa ou estimada

[R] ....... One category of substitution rate (yes/no)

Categoria de substituição de taxa

[C] ........... Number of substitution rate categories

Numero de substituição da categoria taxas

2.3 submenu - Pesquisa de Árvore

[O] ........................... Optimise tree topology

Otimizar topologia da árvore

[S] .................. Tree topology search operations

Operações de pesquisa na topologia da árvore

[R] ......................... Use random starting tree

Iniciar árvore usando aleatoriedade

[N] .................. Number of random starting trees

Iniciar árvore com numero aleatório

[U] ..................... Input tree (BioNJ/user tree)

Entrar com uma árvore

2.4 Suporte a Brunch

[B] ................ Non parametric bootstrap analysis

Sem analise para métrica bootstrap

[A] ................ Approximate likelihood ratio test

Teste de aproximação Verosimilhança.