Instalando o SIESTA no Linux automaticamente

Publicado por Iago Lira (última atualização em 01/08/2017)

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Download 6474.install-siesta.sh

Download 1481214382.install-siesta.sh (versão 2)

Download 1482896417.install-siesta.sh (versão 3)

Download 1501031893.install-siesta.sh (versão 4)




Resolvi criar um script para instalação automatizada do programa SIESTA, pois para um iniciante, a mesma é muito complicada. Além disso, esse script proporciona que o usuário aprenda a compilar o SIESTA com o mesmo.

O SIESTA é um pacote para realizar cálculos de Estrutura Eletrônica, cálculos Ab Initio  e de Dinâmica Molecular.

Em outras palavras, é um Software de Modelagem Molecular, desenvolvido por uma equipe envolvendo várias Universidades e Centros de Pesquisa, e chefiada pelo Prof. Dr. Emilio Artacho, da Universidade de Cambridge:

http://www.phy.cam.ac.uk/directory/artachoe
http://departments.icmab.es/leem/siesta/
http://departments.icmab.es/leem/siesta/About/team.html
https://psc.edu/index.php/user-resources/software/siesta
http://flex.phys.tohoku.ac.jp/texi/siesta-2.0.2-manual.pdf

  



Versões atualizadas deste script

Versão 2 - Enviado por maxshu em 08/12/2016

Changelog: O "script" anterior tinha uma linha com o diretório das "libraries" errada.

Download 1481214382.install-siesta.sh


Versão 3 - Enviado por Iago Lira em 28/12/2016

Changelog: Corrigi alguns bugs e fiz algumas melhorias (instalação do executável no diretório /usr/bin). Com esta correção basta digitar no terminal:

siesta < file.fdf > file.out

Download 1482896417.install-siesta.sh


Versão 4 - Enviado por Iago Lira em 25/07/2017

Changelog: Nesta nova edição incluí a atualização das novas versões do SIESTA (in Launchpad).

Download 1501031893.install-siesta.sh


Esconder código-fonte

#!/bin/bash
#+===================================+
#| Autor: Francisco Iago Lira Passos |
#| Data: 02-08-2016                  |
#+-----------------------------------+

export site="http://departments.icmab.es/leem/siesta/CodeAccess/Code/downloads.html"
export sited="https://dl.dropbox.com/u/20267285/SIESTA-DOWNLOADS"
export user=$(users | sed 's/^.\{7\} //')
export dirs

echo "========================================"
read -p "Enter the installation directory (ex: /usr/local/lib/): " dirs
read -p "Enter the compiler (ex: gfortran): " compiler
read -p 'Enter the "liblapack.a/librefblas.a" directory: ' dirl

echo "========================================"

KEYWORDS=("siesta" "tgz")
IFS=$'\n'
wget $site -q -O - | grep "${KEYWORDS[*]}" | sed 's/">.*//g; s/.*\///g; /pdf/d; /html/d' > lista

echo "=========== SIESTA VERSION ============="
c1=0
while read x
do
 let c1=$c1+1
 echo "    ($c1) --> $x"
done < lista

read -p "Type with your choose:" choose

c1=0
while read x
do
 let c1=$c1+1
 if [ $c1 == $choose ]
 then
  echo "========== EXTRACTING FILES... ==========="
  [ -e $dirs/$x ] && echo "Existing file!" || wget -c -P $dirs $sited/$x
  cd $dirs
  tar -xzvf $dirs/$x
    if [ $? == 0 ]; then
      echo "========== SUCCESSFULLY EXTRACTED! ==========="
      echo
      echo "========== INSTALLING SIESTA... ==========="
      cd $dirs/$(echo $x | sed "s/.tgz//g")/Obj
      sh ../Src/obj_setup.sh
      cd ../Src
      ./configure --with-blas=$dirl/librefblas.a --with-lapack=$dirl/Libs/liblapack.a --prefix=/usr/local/bin/ FC=$compiler
      cp arch.make ../Obj
      cd ../Obj
      make
      echo "alias siesta='$dirs/Obj/siesta $1'" >> $HOME/.bashrc #to superuser
      echo "alias siesta='$dirs/Obj/siesta $1'" >> /home/$user/.bashrc #to user
    fi
fi
done < lista

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Comentários
[1] Comentário enviado por iagolira em 20/09/2016 - 10:00h

Caso encontre algum problema com o certificado do dropbox use a opção "--no-check-certificate", pois é o único erro que encontrei ao rodar o script,
Ou seja, troque as seguintes linhas:
"wget $site -q -O - | grep "${KEYWORDS[*]}" | sed 's/">.*//g; s/.*\///g; /pdf/d; /html/d' > lista"
"wget -c -P $dirs $sited/$x"
por
"wget $site --no-check-certificate -q -O - | grep "${KEYWORDS[*]}" | sed 's/">.*//g; s/.*\///g; /pdf/d; /html/d' > lista"
"wget --no-check-certificate -c -P $dirs $sited/$x"

Nome: Francisco Iago Lira Passos
Curso: Mestrando em Física

[2] Comentário enviado por iagolira em 22/09/2016 - 11:01h

Troque "./configure --with-blas=$dirl/librefblas.a --with-lapack=$dirl/Libs/liblapack.a --prefix=/usr/local/bin/ FC=$compiler"
Por " ./configure --with-blas=$dirl/librefblas.a --with-lapack=$dirl/liblapack.a --prefix=/usr/local/bin/ FC=$compiler"
Nome: Francisco Iago Lira Passos
Curso: Mestrando em Física


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