O Akonadi server usa o Nepomuk, são os responsáveis pela indexação auto dos arquivos e aquelas mensagens que aparecem embaixo,a direita, no KDE4.
em certos linux (depende da distro e das configs), o sistema usa outros arquivos adicionais, como o strigi, o virtuoso e o soprano.
eu acho bonito e util, mas realmente, é lento se vc tiver máquinas pequenas.
Para desligar, acho que é em: "Configurações de Sistema", Aplicações e Notificações de Sistema", Configurar ou Manipular Notificações, e desmarcar as caixas escrito "mostrar mensagens", "pesquisa no desktop" e "semântica no desktop".
se quiser desative só o Nepomuk:
http://www.vivaolinux.com.br/artigo/Nepomuk-O-que-e-isso
http://www.vivaolinux.com.br/dica/Nepomuk-Desabilitando-no-KDE
inclusive destivar o Nepomuk no iniciar automático, como o Renan falou.
remover, não sei se dá, pq podem fazer parte do kde metapacote.