Use algo assim:
delimiter $$
create procedure drop_tables_like(pattern varchar(255), db varchar(255))
begin
select @str_sql:=concat('drop table ', group_concat(table_name))
from information_schema.tables
where table_schema=db and table_name like pattern;
prepare stmt from @str_sql;
execute stmt;
drop prepare stmt;
end$$
call drop_tables_like('loja_%', 'nome-do-banco-de-dados')$$
drop procedure if exists drop_tables_like$$
delimiter ;
Esse procedimento foi adaptado de um comentário de usuário da documentação do MySQL:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/drop-table.html