char *p = strstr(">gi|89059078|ref|NT_113961.1|", "ref");
if(p)
{
      p+=3;
      printf("%s\n", p);
}

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

void main(){



  char num[50];
  char s[50];
  
  char c;
  char h;
  int i = 0;
  int j = 0;
  int a = 0;
  
  // abrindo arquivo onde estao as strings a serem lidas //
  fabre = fopen ("teste.fasta", "r+");
  
  do {
    fgets (num, 50, fabre);

    if (c == '>'){ // linhas que não começam pelo indicador, não tem a string desejada //
      
      // substitui a parte inicial da string com o caracter '&' //
      for (i = 0; i < 50; i++){
         h = num[i];
         num[i] = '&';
         if ((h == 'f')){
            break;
            }        
         }
  
        // transfere para o vetor 's' a parte final da string //
        for (i = 0; i < 50; i++){
            if (num[i] != '&'){
              s[j] = num[i];
              printf ("%c", s[j]);
              j++;
              if (s[i] == '{TEXTO}'){
               break;
               }
              }
            }

[code/]

Não consigo saber onde está errado.