Talvez o que esteja acontecendo contigo seja normal. Vou tentar explicar.
O linux armazena os programas que estão em execução na memória cache, afim de que eles sejam chamados mais rapidamente. Tipo não tem porque voce ficar com memória sobrando, então quando o linux vê memória sobrando na sua máquina, geralmente ele tenta usá-la como cache para aplicações, para poder chamá-las mais rapidamente.
Obviamente seu Ubuntu talvez esteja abusando demais desse recurso, ou talvez tenha algum problema mesmo. Alguams distribuições linux utilizam mas avidamente este recurso do que outras. geralmente as distribuições "desktops"
Para tentar resolver, tente o seguinte:
Posta a saída do comando "free -mt" para a gente poder analisar o uso.
Depois digite:
#echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
Depois digite "free -mt" novamente para saber se houve algum resultado.
Para entender mais, leia esta dica
http://www.vivaolinux.com.br/dica/Limpando-a-memoria-cache-no-Linux .
Ou procure sobre o assunto na Internet.
Abs, fique com Deus!