Olá amigos do Viva o Linux!

Meu nome é Leonardo, e trabalho em um programa de iniciação cientifica. Em meu projeto, preciso usar um programa para UNIX. Porém, utilizo uma versão Linux, chamada KeeP (que acho que provém do Debian). Ao tentar executar o arquivo "./makefile" no prompt (q acredito ser este o arquivo de instalação), apareceram várias mensagens de erro. Gostaria de saber, se softwares do unix podem ser rodados no linux normalmente, e também se existe algum software que faça programas do unix rodarem no linux. Sou novo no linux, por isso peço ajuda.

Att, Leonardo.