Limpar a lista de downloads concluídos no Firefox é moleza, basta clicar no menu "Ferramentas" > "Downloads" e em seguida clicar no botão "Limpar", que na figura abaixo aparece como "Clean Up" pois uso o sistema em inglês.
Porém como sou relaxado, deixei minha lista de downloads acumular para mais de 10 mil arquivos, na verdade essa é uma lista acumulada de uns 3 ou 4 anos talvez. Como a lista estava enorme, o botão "Limpar" ao ser clicado travava o Firefox e não concluía a operação. Os novos downloads também davam uma travada de uns 5 segundos até abrir a janela de diálogo, pois era o tempo que demorava para que o browser processasse a lista de arquivos.
Enfim, para resolver esse problema é simples, abra um terminal, entre no diretório do Firefox e localize o arquivo downloads.rdf (o XML contendo a lista de seus downloads):