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Ubuntu-Tutorials.com vi uma dica interessante de como esconder o cursor do mouse quando você não estiver mexendo nele... útil quando você estiver lendo ou digitando algum texto, ou mesmo assistindo filmes com softwares que não possuem este recurso, então vamos ao que interessa:
$ sudo aptitude install unclutter
Após instalar o unclutter, basta adicionar o seguinte comando à sessão do Gnome:
unclutter -display :0.0 -idle 5
Onde 5 são quantos segundos você deseja que o software espere para esconder o cursor.