Primeiro se assegure de ter um backup do seu pendrive, pois o processo envolve o particionamento e formatação dele.
Vamos criar duas partições, uma no fim do pendrive, formatada em ext2 com 650MB (no mínimo) onde vai ficar o sistema, e outra no início do pendrive, com todo o restante do espaço formatada em FAT 16. Não é aconselhável criar uma SWAP, pois ela pode, devido as sucessivas leituras e gravações, danificar o pendrive.
PS: O sdx é o dispositivo do pendrive neste artigo, substitua pelo seu.
Você pode usar qualquer programa de particionamento, recomendo o cfdisk para essa tarefa.
# cfdisk /dev/sdx
- 1ª partição (em um pendrive de 2GB) 1,3GB type 06 (FAT 16)
- 2ª partição 650MB tipo padrão (ext2) e bootável
Grave a tabela de partições e saia do cfdisk.
Agora vamos formatar o pendrive:
# mkfs.vfat /dev/sdx1
# mkfs.ext2 /dev/sdx2
Pronto, você tem agora um pendrive pronto para receber o sistema. Agora vamos proceder para a cópia dos arquivos.
OBS. Pode-se usar FAT32 também na primeira partição, na verdade acho que qualquer sistema que o kernel reconheça de forma nativa pode ser usado, mas é interessante que se use um sistema que o Windows reconhece para o caso de ser necessário usar o pendrive para outras coisas.